恰逢朝廷大赦天下，王允出狱，复职为刺史。十天内，王允又因为其他事被逮捕下狱。
司徒杨赐认为王允品行高尚，不想让王允再次入狱受辱，于是派人告诉王允，他得罪了张让，一个月两次下狱，必定凶多吉少，只能从长计议。
有性格义愤容易斗气的人甚至拿来毒药，让王允饮药自尽，被王允大声斥退。最终，王允还是被逮捕关押进廷尉署。
左右宦官都催促汉灵帝尽快处死王允，朝中大臣莫不叹息。大将军何进、太尉袁隗、司徒杨赐共同上疏劝谏，为王允求情，王允这才被免除死罪。
这一年的冬天，朝廷宣布大赦天下，王允不在赦免之列，三公再次为王允求情，一直到第二年，王允才被释放出狱。
当时宦官把持朝政，睚眦必报，置人于死地。王允担心被害，于是更换姓名逃走，辗转于河内郡、陈留郡之间。
汉灵帝驾崩，王允才前往京师奔丧。大将军何进谋诛宦官，召王允前来商量。
何进表奏王允为从事中郎，不久升任河南尹。汉献帝刘协继位后，王允被任命为太仆，兼任尚书令。
初平元年（公元190年）二月，王允代替杨彪担任司徒，仍然兼任尚书令。
董卓专权，胁迫汉献帝及王公大臣迁都长安；王允将兰台、石室的图书典籍、清册纬书，加以整理运往长安。
到长安后，王允又搜集汉朝以前的典章制度，凡是当下能够施用的，都奏闻献帝。这些典籍能够保全，这其中都有王允的功劳。
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