恰逢汉献帝患病痊愈，朝臣在未央殿聚会庆贺。王允与士孙瑞秘密上奏汉献帝，派遣士孙瑞手持皇帝密诏授予吕布，诏命诛杀董卓。
吕布与骑都尉李肃率领勇士十余人，伪装成侍卫在北掖门内埋伏。董卓的车驾进入宫门，李肃等人当即持戟刺杀董卓。
董卓受伤坠车，本想呼叫吕布救驾；吕布掏出诏书传示众人，然后杀死董卓。董卓死后，王允又将他夷灭三族。
董卓既死，王允本来打算赦免董卓的部下，吕布也多次劝说王允。但是后来王允又心存疑虑，认为这些人跟随董卓叛乱，如果定为谋逆之罪再予以赦免，恐怕他们会起叛心，不是好办法。
吕布又劝谏王允，将董卓搜刮的金钱财物赏赐给朝中公卿、将校，王允没有答应。王允内心又瞧不起吕布，认为他只是匹夫之勇的剑客。
吕布自认为诛杀董卓有功，常常自我吹捧，看到王允轻视自己，颇感失望，心中渐有不平之意。
董卓死后，王允自以为不会有什么灾祸，因此与朝中公卿、将校交往时，不再温润和蔼；他又依仗重臣身份，不考虑权宜之计，致使朝臣都不愿归附。
董卓手下将领及担任官职的多是凉州人，王允打算解散他们的军队。有人劝谏王允，认为凉州人忌惮袁氏，畏惧关东义军，如果贸然解散他们的军队，必然人人自危。
可以任命皇甫义真为将军，率领董卓先前的部众，让他们留在陕地，慢慢加以安抚，以观其变。
王允认为，关东义军和自己是同一阵营，如果让凉州的军队留在陕地，据险而守，必然会引起关东义军的疑心。
百姓有传言称朝廷要将凉州人全部诛杀；凉州人惶恐不安，在关中的将领纷纷拥兵自重。
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